スプラインが周囲の地表よりも低くなるような場合、Align Terrainを"No both THs"に設定すると簡単に切土になりますが、こうして作成した切土のスプラインに交差点オブジェクトを連結しようとしてもうまくいきません。
オブジェクトはデフォルトで地表の高さにあわせて配置されるようになっていますが、道路が低くなっていても見えなくなっている地表は元の高さのままなのでその高さに配置しようとしてしまうのです。もちろん、z座標を変更すれば上下方向にオブジェクトを移動することはできるのですが、いざctrlキーを押してスプラインと連結しようとしてもやっぱりうまくいかないのです。
結局のところ、周囲の地表の高さよりも低くなる箇所で分岐しなくてはならなくなるような場合、Align Terrainの設定を使用するのではなく、面倒ですが素直にスプライン部分の地表の高さを低くする必要がありそうです。